En el año de 1991 con la llegada de la comunidad Siervos de la Palabra al cantón Catamayo después de haber realizado un diagnóstico situacional de la realidad en que se vivía se encontró la necesidad del servicio académico; por lo tanto, se creó el Colegio Aloysiano Siervos de la Palabra, poniendo el mismo nombre de la comunidad.
El objetivo primordial se basa en el servicio de la educación a la niñez y juventud que quisiere educarse en formación moral y espiritual; funcionando en principio en el local de la extensión universitaria de Catamayo a través de un convenio de comodato entre el Padre Luís José Castellanos López, promotor y fundador del colegio, y el Licenciado Héctor Figueroa Alcalde del Ilustre Municipio del Cantón Catamayo en ese entonces. Con el pasar del tiempo y por la buena acogida de la población se busca el espacio adecuado para la institución educativa, la misma que se apoyó en las autoridades del Cantón, logrando conseguir un terreno donado por el señor Alcalde arriba mencionado, ubicado en la parroquia urbana San José, seguidamente se inició la construcción de la planta física del establecimiento.
El 30 de noviembre de 1994 se crea el Colegio con el nombre Particular San Juan Bautista, basado en los principios Evangélicos y el carisma de educación moral. Mediante Acuerdo Ministerial N° 0963, siendo el primer rector el Ledo. Lauro Guarnan Falconí con el acompañamiento cercano del padre Teófilo Pasco Rubí en calidad de asesor espiritual. La parroquia San José a pesar de su constante emigración-inmigración está en constante crecimiento, en este contexto, urge la necesidad de dar servicio y atención educativa a la niñez en general, la misma que motivó a los administrativos de ese entonces, planta docente del colegio, y más aún a la comunidad siervos de la palabra, a gestionar la escuela anexa al colegio, convirtiéndose nuestra Institución en Escuela y Colegio Particular San Juan Bautista mediante Acuerdo Ministerial N° 039 del 04 De Diciembre de 2006.
En el mes de septiembre del 2009 la institución educativa pasó a ser regentada por la Diócesis de Loja bajo la Dirección de Monseñor Julio Parrilla Díaz, Obispo de la Diócesis y el Padre Lie. Segundo Pardo Rojas como Rector del centro educativo hasta la actualidad. Nuestro lema es Dios, Ciencia, Trabajo y Vida Cristiana Gracias al carisma dinámico, administrativo y capacidad de gestión, de su nuevo Rector y de las autoridades han presentado proyectos de fiscomisionalización como también la propuesta de un nuevo bachillerato en ciencias que va por muy buen camino. Con la colaboración decidida del personal docente se ha fortalecido el trabajo de enseñanza aprendizaje.
La jornada de trabajo de la institución educativa es matutina, cuenta con personal administrativo, docente altamente capacitado y calificado en todas las especialidades, con innovaciones y equipamiento del laboratorio de computación, material didáctico para los niños y jóvenes que se educan en esta prestigiosa entidad educativa; uniéndose a las autoridades políticas, civiles, militares y padres de familia va progresando en la parte física, disciplinaria, moral y académica ofreciendo comodidad a sus estudiantes. La fecunda labor, capacidad de gestión y decisión férrea del Rvdo. Padre Mgs. Segundo Pardo Rojas, como Rector, ha hecho que la Institución Educativa crezca en los aspectos físicos -Morales- Académicos – Disciplinarios; desde el año 2010 el Padre rector se trazó un objetivo primordial como es el de conseguir la creación de la Unidad Educativa, en el mes de junio del año 20111 conjuntamente con el Dr. Edwin Medina Vicerrector de la institución se entregó la documentación necesaria.
En la parte física el Padre Segundo Pardo Rojas ha dado un vuelco total en la obra física, contamos con nuevas instalaciones del servicio del bar, adecuación de baterías sanitarias, grádenos, adecuación de espacios verdes, construcción de aulas y lo que el centro educativo no contaba en estos días se ha terminado la iluminación de todas las aulas y dos canchas de uso múltiple y en el año 2012 se construyó un nuevo bloque de aulas donde funciona la administración y grados de educación básica, obras que los padres de familia, los maestros y especialmente los niños y jóvenes agradecemos al Rvdo. Padre Segundo Pardo Rojas por su constante preocupación de Mejoramiento de la Institución.
En el mes de abril del año 2012, con acuerdo ministerial N° 074-12 se autoriza la Constitución y Funcionamiento de la Escuela y Colegio Particular como Unidad Educativa Particular San Juan
Bautista de la Parroquia San José Cantón Catamayo, Provincia de Loja, Régimen Sierra 2012- 2013, Jornada Matutina.
Además como aspiración de la Unidad Educativa y después de haber realizado todos los trámites necesarios y haber entregado la documentación que se nos exigía para el proceso de Fiscomisional y gracias al apoyo incondicional del Distrito de Catamayo, Olmedo y Chaguarpamba y al Director Dr. Vicente Rodríguez se hizo realidad este objetivo es por ello que se crea LA UNIDAD EDUCATIVA FISCOMISONAL «SAN JUAN BAUTISTA», con acuerdo N° 030-A del 25 de julio del 2014.
La Unidad Educativa Fiscomisional «San Juan Bautista» ofrece: Educación Inicial, Preparatoria y Educación General Básica Elemental, Media, Superior y Bachillerato.
En la actualidad cuenta con 26 maestros, 3 administrativos y un auxiliar de servicio. Rector, Vicerrector y Jefe de Talento Humano.
Últimamente gracias a la gestión de nuestro Rector y el apoyo de muchos benefactores se cuenta con nuevas instalaciones, oficinas modernas y funcionales de Rectorado, Secretaria y Colecturía.
